مقام امام زین‌العابدین(ع)، در کشور عراق در شهر نجف، در خیابان کمربندی نجف قدیم و نزدیک مرقد صافی صفا و در ضلع غربی آستان مقدس علوی قرار دارد؛ به‌گونه‌ای که با کشیدن خط فرضی از رأس گنبد مقام تا رأس گنبد حرم مطهر علوی، صحن و شبستان حضرت زهرا (س) به صورت قرینه به دو بخش تقسیم می‌شود.

این مقام در حقیقت، محل توقف و اقامت امام زین‌العابدین(ع) در زمان زیارت جدشان، امیرمؤمنان(ع) بوده و حضرت در اینجا به عبادت و نماز پرداخته‌اند.

این مقام در محله «العماره»، یکی از چهار محله معروف شهر نجف قدیم و در بیرون از دیوار شهر قدیم و در مرکز مکانی که اهالی نجف آن را «الثلمه» می‌نامند، واقع است.

براساس منابع تاریخی، در زمانی که مزار مطهر امیرمؤمنان(ع) بر مردم پنهان بود، امام سجاد(ع)، هر بار که برای زیارت امام علی(ع)، جد بزرگوارشان به نجف می‌‌‌‌آمدند، در اینجا اقامت کرده و به نماز و عبادت مشغول می‌‌‌‌شدند.

بعدها در جایگاه نماز ایشان مسجدی بزرگ ساخته شد با نام "مقام امام زین‌العابدین(ع)"، بنابراین مقام حضرت زین‌العابدین(ع)، در واقع مکانی است که امام سجاد(ع) در آنجا به عبادت و نماز می‌پرداختند.

براساس روایتی که سید بن طاووس نقل کرده، امام زین‌العابدین(ع) به کوفه وارد شده و در مسجد آن، نماز گزارده و همراه با ابوحمزه ثمالی، به زیارت جد بزرگوار خود، امیرمؤمنان(ع) رفته است.